Józef Kalinowski urodził się w 1835 roku w Wilnie. Ojciec był profesorem matematyki na Uniwersytecie Wileńskim. Po ukończeniu Instytutu Szlacheckiego (1843-1850) podjął studia w Instytucie Agronomicznym w Hory-Horkach koło Orszy. Zrezygnował z nich po dwu latach. Przeniósł się do Mikołajewskiej Szkoły Inżynierii Wojskowej w Petersburgu. Po jej ukończeniu (1855) został adiunktem matematyki oraz awansował do stopnia porucznika. Następnie pracował przy budowie kolei żelaznej Odessa – Kijów – Kursk. Z powodów zdrowotnych otrzymał zwolnienie z wojska w 1863 roku. Gdy wybuchło powstanie styczniowe, objął obowiązki naczelnika Litewskiego Wydziału Wojny. Po upadku powstania został aresztowany i osadzony w więzieniu. W wyniku procesu skazano go na karę śmierci. W więzieniu otaczała go atmosfera świętości. Wskutek interwencji krewnych i przyjaciół, a także z obawy, że po śmierci Polacy mogą uważać Józefa Kalinowskiego za męczennika i świętego, władze carskie zamieniły mu wyrok na dziesięcioletnią katorgę na Syberii. Po ciężkich robotach, zmianach kolejnych miejsc zsyłki oraz wielu przeżyciach Kalinowski powrócił do kraju w 1874 roku. Tutaj zaproponowano mu stanowisko wychowawcy Augusta Czartoryskiego. Opiekował się nim przez trzy lata. W 1877 roku Józef Kalinowski wstąpił do nowicjatu karmelitów w Grazu, przybierając imię Rafał. Po studiach filozoficznych i teologicznych otrzymał święcenia kapłańskie (1882). W kilka miesięcy później został przeorem klasztoru w Czernej, następnie w Wadowicach. Był spowiednikiem o wyjątkowych darach, nazwano go „ofiarą konfesjonału”.
Zmarł 15 listopada 1907 roku. Jego relikwie spoczywają w kościele karmelitów w Czernej.
Beatyfikował go Jan Paweł II w 1983 roku, kanonizował w 1991.