Urodził się na zamku Xavier w Hiszpanii w roku 1506. Był potomkiem szlachty baskijskiej. Na studiach w Paryżu poznał św. Ignacego Loyolę i jako jeden z siedmiu pierwszych w stolicy Francji jezuitów złożył śluby zakonne na ręce fundatora zakonu. W roku 1537 uzyskał w Wenecji święcenia kapłańskie; w pięć lat później wyjechał na misje do Portugalii, a wkrótce potem do Indii, które miały się stać polem jego pracy misyjnej przez resztę życia. W latach 1549-1551 głosił Ewangelię w Japonii, której został pierwszym misjonarzem i gdzie wkrótce wyrosła kwitnąca gmina chrześcijańska. Umarł samotnie, doglądany przez wiernego Chińczyka, 3 grudnia 1552 roku, na wyspie Sancian, patrząc na rysujący się na widnokręgu upragniony ląd chiński, dokąd zamierzał podążyć z nauką Ewangelii. Jest po św. Pawle Apostole największym misjonarzem Kościoła katolickiego i wraz ze św. Teresą od Dzieciątka Jezus, patronem misji zagranicznych.